Neben dem Saattermin spielen hauptsächlich noch Fruchtfolgekrankheiten bei der Gestaltung der Fruchtfolge eine Rolle. Als wichtigste Krankheit im Rapsanbau gilt Kohlhernie, auch Klumpfußkrankheit genannt. Diese bodenbürtigen, pilzähnlichen Erreger befallen das Wurzelsystem des Rapses und können mehrere Jahre im Boden überdauern. Deshalb sollte eine möglichst lange Anbaupause von 3 - 6 Jahren eingehalten werden. Ebenso sollten in der Fruchtfolge keine weiteren Wirtspflanzen (Kreuzblütler) der Kohlhernie angebaut werden. Dies gilt auch bei der Wahl einer geeigneten Zwischenfruchtmischung zu beachten.

Weitere Pilzkrankheiten, wie z. B. Weißstängeligkeit (Sclerotinia sclerotiorum) sind ebenfalls bei der Stellung des Rapses in der Fruchtfolge zu beachten.

Durch erhöhten Rapsanbau kann ebenfalls das Schadpotenzial von Schädlingen , wie z. B. dem Rapserdfloh oder dem Rapsglanzkäfer, ansteigen.

Winterraps ist für fast alle wichtigen Ackerbaukulturen eine günstige Vorfrucht. Der Hauptgrund für den guten Vorfruchtwert ist die Stickstofffreisetzung nach der Rapsernte. Der freigesetzte Stickstoff kann anschließend, je nach Bodenstruktur und Erntezeitpunkt, von der nachfolgenden Kultur im Herbst aufgenommen werden.

Zudem wird die Bodenstruktur durch die Pfahlwurzel des Rapses verbessert. Die nachfolgende Kultur kann die entstandenen Grobporen für eine Ausbreitung des eigenen Wurzelsystems nutzen. Durch die gute Bodenstruktur mit Grobporen kann diese Kultur meist mit Verfahren der konservierenden Bodenbearbeitung bestellt werden. Des Weiteren unterbindet der Winterrapsanbau typische Unkräuter und Ungräser von Getreidefruchtfolgen effektiv. Infektionsketten von Fruchtfolgekrankheiten im Getreide werden unterbrochen.

Probleme können bei Fruchtfolgen mit Raps und Zuckerrüben auftreten. In Zuckerrübenbeständen kann Rapsdurchwuchs nur schwer bekämpft werden. Außerdem gilt Raps ebenfalls als Wirtspflanze des Rübenzystenälchens. Deshalb sollten die beiden Kulturen nicht in der gleichen Fruchtfolge stehen.

Grundbodenbearbeitung mit Pflugeinsatz

Durch den Pflugeinsatz wird der Boden 20 - 30 cm tief gewendet. Die aufliegenden Erntereste der Vorfrucht werden eingearbeitet. Dadurch werden Unkräuter und Ungräser effektiv beseitigt und der Boden stark gelockert. Um eine Überlockerung des Bodens zu vermeiden und das Auflaufen von alten Rapssamen zur Durchwuchsbekämpfung zu fördern, sollte der Boden mit einem Nachlaufgerät (z. B. Krumenpacker) oder einem Gerät zur Oberflächenbearbeitung nachbearbeitet werden. Ebenfalls sollte darauf geachtet werden, dass die Vorfruchtreste gleichmäßig eingemischt werden. Dieses Verfahren eignet sich zudem zur Bekämpfung von Mäusen und Schnecken und eignet sich besonders bei stark lagernden Böden. Allerdings muss darauf geachtet werden, dass keine Erosions- und Verschlämmungsgefahr auf dem Standort besteht, da bei Pflugeinsatz das Risiko hierzu ansteigt. Zur Saatbettbereitung, z. B. mit einer Kreiselegge, wird der gelockerte Boden gut rückverfestigt, um bei der Saat eine gleichmäßige Tiefanablage und den Anschluss des Saatguthorizonts an das Kapillarsystems des Unterbodens zu erreichen.

Konservierende Bodenbearbeitung ohne Pflugeinsatz

Konservierende Bodenbearbeitungsverfahren können dasselbe Ertragsniveau wie mit Pflugeinsatz erreichen. Der Strohbearbeitung muss allerdings mehr Beachtung geschenkt werden. Die auf dem Feld verbleibenden Erntereste der Vorfrucht werden in ein oder zwei Arbeitsgängen in den Boden eingearbeitet. Beim ersten flachen Arbeitsgang mit einem Grubber oder einer Scheibenegge werden die Erntereste zerkleinert, die Keimung von Ausfallsamen angeregt und oberirdische Schlupfräume von Schnecken und Mäusen beseitigt. Zudem wird die Kapillarität unterbrochen. Der zweite Arbeitsgang erfolgt dann auf ca. 10 - 20 cm Arbeitstiefe, um einen ausreichend tiefen Wachstumshorizont für die Pfahlwurzel des Rapses zu schaffen. Ein Nachläufer kann für die notwendige Krümelung und ausreichende Rückverfestigung zur Aussaat sorgen.

Allgemein sollte auf eine verlustarme Ernte geachtet werden, um den Aufwand zur Bekämpfung von Ausfallraps zu minimieren. Dazu zählt auch die richtige Einstellung des Mähdreschers mit verringerter Trommeldrehzahl und schonend eingestellten Dreschorganen zur Vermeidung von Bruchkorn.

Bei den Nacherntemaßnahmen muss darauf geachtet werden, dass die „grüne Brücke“ unterbrochen wird und für Ausfallraps optimale Keimbedingungen geschaffen werden. Ebenfalls wird durch die Bodenbearbeitung das Infektionsmaterial für Krankheiten, wie z. B. Phoma, beseitigt.

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